Voordat een bedrijf een aanvraag doet voor de WBSO is het belangrijk om allereerst een korte kosten-batenanalyse te doen. Voldoet de aanvrager aan de regelgeving? Voldoet het project(en) aan de regelgeving? Wat is de potentiële subsidie? Wat is de slaagkans? Bij een positieve kosten-batenverhouding kan worden gestart met een eerste inventarisatie van de projecten en van de medewerkers/teams die aan de projecten gaan werken. Vervolgens wordt de aanvraag inhoudelijk opgesteld door het bedrijf zelf en in samenwerking met een subsidieadviesbureau. Wanneer de aanvraag compleet is, dan kan deze digitaal worden ingediend via het eLoket van de RVO.
Bij tijdnood kan er eventueel uitstel worden aangevraagd door middel van een vormvrije aanvraag.