Bedrijven zijn verplicht om binnen drie maanden na afloop van het kalenderjaar het aantal gerealiseerde S&O-uren te melden bij de RVO. Voor zelfstandigen geldt dat zij alleen een melding hoeven te doen indien zij de uren-drempel van 500 uur niet hebben gehaald.
Wanneer na afloop van het jaar blijkt dat een bedrijf minder uren heeft gerealiseerd dan het totaal aantal uren dat staat in de S&O-verklaringen, dan moet er subsidie worden terugbetaald. Hiervoor stuurt de RVO vervolgens een correctie-S&O-verklaring met daarin een correctiebedrag. Dit bedrag moet vervolgens als negatieve aftrek worden opgenomen bij de eerstvolgende aangifte of in die daarna. Wanneer er juist méér uren zijn gerealiseerd, dan blijft de subsidie ongewijzigd en zal deze ook niet worden verhoogd.
Het is binnen de WBSO-regeling toegestaan om goedgekeurde uren voor het ene S&O-project, in te zetten voor een ander S&O-project. Er zijn hierbij geen beperkingen in het schuiven met deze uren. Daarnaast mogen uren ook in een latere periode (wel binnen hetzelfde kalenderjaar) worden gemaakt. Om het melden van uren eenvoudiger te maken heeft de overheid een Excel-tool gemaakt die als output het aantal uren geeft dat moet worden gemeld. De tool is hier te downloaden.