Wanneer een WBSO-aanvraag uiteindelijk is beoordeeld en er een formele verklaring is afgegeven dan blijkt soms dat de RVO een of meerdere projecten (deels) heeft afgewezen. Doorgaans betreft het hierbij een inhoudelijke afwijzing wanneer het project(en) bijvoorbeeld als té eenvoudig en niet technisch uitdagend is beoordeeld. In de S&O-verklaring geeft de behandelend adviseur hierover altijd een toelichting met argumenten waarom het project deels of volledig is afgewezen.
Wanneer een bedrijf het niet eens is met deze afwijzing dan kan zij daar bezwaar tegen maken door middel van een bezwaarprocedure. Hiervoor moet de aanvrager als eerste binnen 6 weken na dagtekening van de beschikking een bezwaarschrift indienen bij de afdeling Juridische Zaken van de RVO. Vervolgens volgt er een uitnodiging voor een hoorzitting op het kantoor in Zwolle. Tijdens deze hoorzitting wordt het bedrijf ook mondeling in staat gesteld om het bezwaar toe te lichten en kunnen de beoordelaars van de RVO hier aanvullende vragen over stellen.
Voor een succesvolle bezwaarprocedure is het als eerste van belang dat er gegronde redenen zijn waarom de afwijzing van een of meerdere S&O-projecten onterecht is. Indien dit om formele criteria gaat zoals personeel dat geen technische achtergrond heeft dan is het bij voorbaat al af te raden om in bezwaar te gaan. Indien een bedrijf van mening is dat de aanvraag inhoudelijk verkeerd is geïnterpreteerd door de RVO, dan is een bezwaar vaak wel zinvol. In dat geval is het wel noodzakelijk om een extra technische verdieping te kunnen geven op de projecten. Tegen de tijd dat het bezwaarschrift wordt ingediend zijn er vaak al enkele maanden van de projectperiode verstreken en kan het bedrijf hier overigens vaak ook concreet meer over vertellen.
TIP
Het voeren van een bezwaarprocedure kost veel extra tijd. Als eerste is er het opstellen van het bezwaarschrift, eventueel een voorbereiding op de hoorzitting en de hoorzitting zelf waarbij (afhankelijk van de locatie van het bedrijf) vaak veel reistijd bij komt kijken. Daarbij komt ook dat de slaagkans beperkt is omdat de RVO het project reeds uitvoerig heeft bekeken. Maak daarom altijd een kosten-baten berekening voordat een bezwaarprocedure wordt gestart. Indien er een laag subsidiebedrag op het spel staat kan dit betekenen dat het niet de moeite loont om hier tegenin te gaan, zelfs wanneer een bedrijf volledig in haar recht staat. Bedenk hierbij echter wel dat een aanvraag voor de Innovatiebox afhankelijk kan zijn van een WBSO-goedkeuring.