WBSO-aanvragen worden als eerste volgens formele criteria gecontroleerd. Heeft een bedrijf alle NAW-gegevens ingevuld? Zijn de KvK- en loonheffingsnummers correct? Klopt de aanvraagperiode? Etc. Bij gebreken zal de aanvrager worden verzocht om dit alsnog binnen een gestelde termijn aan te vullen.
Vervolgens wordt de aanvraag toegewezen aan een behandelend beoordelaar van de RVO die de aanvraag ook inhoudelijk gaat beoordelen. Vaak heeft een aanvrager meerdere periodes achtereen dezelfde adviseur maar ook wisselingen komen regelmatig voor. Nadat de eerste beoordelaar een advies heeft gegeven over de aanvraag zal er altijd nog een tweede beoordelaar naar kijken. Alleen indien beiden een positief advies geven over de aanvraag dan volgt er een goedkeuring.
Tijdens de beoordeling raadpleegt de RVO ook dikwijls openbare online informatiebronnen zoals de bedrijfswebsite en/of LinkedIn-profielen van medewerkers. Als deze informatie tegenstrijdig is met hetgeen is beschreven in de aanvraag, dan zal de RVO hier vragen over stellen. Het moet bijvoorbeeld wel aannemelijk zijn dat een bedrijf de technische kennis in huis heeft om een project uit te kunnen voeren.