Wanneer een bedrijf het oneens is met het besluit van de RVO op het bezwaar dat is ingediend, dan is het mogelijk om beroep aan te tekenen bij het College van Beroep voor het bedrijfsleven (Den Haag). Jaarlijks behandelt het college een klein aantal zaken waarbij bedrijven het niet eens zijn met een afwijzing op formele of inhoudelijke gronden. Gezien de jurisprudentie op het gebied van de WBSO blijken aanvragen hierbij vaak alsnog te worden afgewezen en ook zijn hier aanvullende juridische kosten aan verbonden. Maak daarom een goede inschatting van de slaagkans en een kosten-baten inschatting voordat er in beroep wordt gegaan.