Een WBSO-aanvraag is in feite een plan met daarin een begroting van het aantal uren dat het bedrijf denkt te gaan maken en de kosten en uitgaven die noodzakelijk zijn voor de ontwikkelingen. De praktijk wijkt dikwijls af doordat er onverwachte omstandigheden zijn waardoor projecten niet of anders verlopen. De RVO voert daarom na afloop van het kalenderjaar waarin subsidie is aangevraagd een nacalculatie uit. Dit doet zij op basis van de informatie die bedrijven zelf aanleveren. Bedrijven zijn daarom verplicht om jaarlijks drie typen meldingen te doen: de urenmelding, de melding van kosten en uitgaven en de melding van BSN-nummers. Hieronder worden deze meldingen nader toegelicht.
Alle meldingen worden met behulp van formulieren via het eLoket gedaan. Wanneer een melding over de uren of kosten/uitgaven foutief is, te laat of helemaal niet wordt gedaan, dan resulteert dit in een boete. Daarnaast worden de uren, de kosten en de uitgaven op nul gezet indien een bedrijf hier geen melding van doet. De volledige subsidie van het voorgaande jaar komt daarmee te vervallen en moet worden terugbetaald. Indien de BSN-nummers te laat worden gemeld, dan kan dit een toekomstige vervolgaanvraag ongeldig maken omdat de RVO dan geen uurtarief kan berekenen.
Als laatste moeten bedrijven jaarlijks melden welke medewerkers aan de WBSO-projecten hebben gewerkt. Dit gebeurt door de BSN-nummers van deze personen digitaal aan de RVO door te geven.