Wanneer is vastgesteld dat een bedrijf voldoet aan de voorwaarden voor de WBSO-subsidie, dan is de volgende stap het inventariseren van mogelijke projecten die het bedrijf verwacht.
Een project hoeft hierbij niet de ontwikkeling van bijvoorbeeld een totaal nieuw product te zijn. Een bedrijf kan ook een deelontwikkeling opvoeren zoals de ontwikkeling van een nieuwe module of een nieuw onderdeel van een groter geheel. Per aanvraag kan een bedrijf een of meerdere projecten aanvragen.
Naast de projecten wordt ook het aantal S&O-medewerkers dat hieraan gaat werken geïnventariseerd om tot een realistische ureninschatting te komen. Wanneer het nog onzeker is hoeveel uur er in een periode aan de projecten zal worden gewerkt dan is het vaak verstandig om de uren ruim in te schatten. Achteraf kan een bedrijf de uren namelijk wel naar beneden bijstellen maar nooit omhoog. Het aantal uur op de beschikking blijft het maximum.
! Let op: het is bij de WBSO-subsidie mogelijk om te veel subsidie aan te vragen. Dit komt bijvoorbeeld vaak voor bij startende bedrijven die lage loonkosten hebben en daardoor ook weinig loonheffing betalen. In die situatie kan een aanvraag wel een groot subsidiebedrag opleveren maar als dit niet aftrekbaar is van de loonheffing dan gaat deze subsidie (deels) verloren. Bedrijven die in deze categorie vallen doen er daarom verstandig aan om vooraf een inschatting te maken van de loonheffing die zij verwachten en daar hun aanvraag op af te stemmen.
Een check die de RVO standaard uitvoert is of het aantal aangevraagde uren realistisch is gezien het aantal medewerkers dat hieraan gaat werken. Hierbij delen zij het aantal aangevraagde uren door het aantal opgegeven S&O-medewerkers. Uitgaande van een gemiddeld dienstverband gaan zij er vanuit dat een persoon maximaal 1.750 uur per jaar (1 FTE) aan de projecten kan werken. Indien de deling hoger uitvalt dan zal de RVO een toelichting vragen op de WBSO-aanvraag. Overigens is een 100% inzet voor WBSO-projecten vaak niet haalbaar omdat medewerkers vaak ook andere taken hebben zoals het bijhouden van de administratie of het volgen van trainingen. Doorgaans is een inzet van 80% á 90% daarom realistischer.
! Let op: zelfstandigen (zzp’ers) moeten minimaal 500 uur aan speur- en ontwikkelingswerk besteden in de aanvraagperiode. Hierbij tellen de uren mee vanaf de datum waarop de aanvraag is ingediend (binnen hetzelfde kalenderjaar). Soms blijkt in de praktijk dat het lastig is om dit aantal uren te maken vanwege overige projecten of door bijvoorbeeld business development. Met name bij zelfstandigen die pas in kwartaal 3 hun aanvraag indienen is het daarom verstandig om eerst goed te bedenken of dit aantal S&O-uren haalbaar is.