Ook zelfstandigen zonder personeel (zzp’ers) kunnen gebruik maken van de WBSO. Belangrijk is hierbij dat de zzp’er zelf de S&O-activiteiten uitvoert en dat hij/zij hier op jaarbasis minimaal 500 uur aan besteedt. Hierbij worden alleen uren meegeteld vanaf de datum wanneer de aanvraag is ingediend t/m 31 december van datzelfde kalenderjaar. Hoewel de drempel van 500 uur niet hoog lijkt, is dit in de praktijk toch vaak een groot deel van de werkzaamheden. Een realistische inschatting van de uren is daarom erg belangrijk. Anders dan bedrijven met personeel op de loonlijst, ontvangt een zzp’er een vast bedrag per jaar dat als aftrek op de inkomstenbelasting mag worden opgenomen. Deze aftrek komt in hetzelfde rijtje als de zelfstandigenaftrek of de startersaftrek.