Een controle door Team Handhaving van de RVO betreft een uitsluitend boekhoudkundige controle en komt minder vaak voor dan de controle door een beoordelaar. Vaak is er een aanleiding voor deze controle geweest. Hierbij kan het bijvoorbeeld gaan om onregelmatigheden in de melding van uren, BSN-nummers en/of kosten en uitgaven. De controleur gaat bij deze controle tot in detail in op de administratie en kan bijvoorbeeld alle uren van een specifieke medewerker nalopen.
De controle wordt telefonisch aangekondigd waarbij er een afspraak wordt ingepland voor een bedrijfsbezoek. Een goede voorbereiding is erg belangrijk en daarom is het verstandig om het bezoek enkele weken vooruit in de tijd te plannen.
Als bij het controlebezoek blijkt dat er inderdaad gebreken zijn in de administratie dan kan dit resulteren in het terugbetalen van (een deel van) de subsidie en/of boetes. De gebreken kunnen er ook toe leiden dat de RVO besluit ook eerdere en latere kalenderjaren te controleren. Hiermee kan ook de subsidie van die jaren op het spel komen te staan.