Nadat een WBSO-aanvraag is ingediend volgt de beoordelingsfase waarin de RVO toetst of de aanvrager recht heeft op WBSO-subsidie. Dit traject kan in het snelste geval in enkele weken worden doorlopen maar meestal duurt dit ruim twee maanden of langer. Tijdens de beoordeling wordt er regelmatig een toelichting gevraagd door de RVO en is er correspondentie over de aanvraag. Wanneer alle seinen op groen staan dan volgt voor nieuwe aanvragers vaak eerst een intakegesprek met de RVO. Vervolgens wordt de S&O-verklaring opgesteld met daarin het toegekende subsidiebedrag.
