Tijdens de inhoudelijke beoordeling komt het regelmatig voor dat de beoordelaar een toelichting wil op de WBSO-aanvraag. Dit verzoek kan bijvoorbeeld betrekking hebben op de inhoud van een of meerdere projecten, de omvang van de aanvraag (het aantal S&O-uren) of de samenwerking met andere partijen. Bij bedrijven die voor het eerst WBSO aanvragen wordt daarnaast ook vaak gevraagd naar de CV’s en/of LinkedIn profielen van de medewerkers.
Verder staat er in de brief van de RVO ook vaak dat de beoordelaar voornemens is om een of meerdere projecten af te wijzen tenzij er goede argumentatie is waarom deze wél voor de regeling in aanmerking zouden komen. Omdat het aanvraagformulier maar een beperkte hoeveelheid tekst kan bevatten is het in deze situatie soms een kwestie van het uitdiepen van bijvoorbeeld de technische uitdagingen. Ook kan het zijn dat de RVO graag een nadere specificatie ziet van de aangevraagde uren of meer informatie nodig heeft over de medewerkers die aan de technische ontwikkelingen gaan werken.
Bij het beantwoorden van de vragen is het belangrijk om vooral een technische onderbouwing te geven. Vaak is de projectperiode reeds gestart op het moment dat om een toelichting wordt gevraagd en is het mogelijk om tegen die tijd fragmenten van de technische documentatie toe te voegen ter onderbouwing. Ook is het vaak verstandig om het aantal aangevraagde uren nogmaals te evalueren omdat het in de praktijk vaak voorkomt dat er toch minder uren aan een project worden besteed. Eventueel kan dit aantal naar beneden worden bijgesteld.
Een bedrijf krijgt doorgaans 14 dagen om de vragen van de RVO zo goed mogelijk te beantwoorden. Mocht dit te weinig zijn, dan is eenmalig uitstel mogelijk van nogmaals 14 dagen.