Voor het berekenen van het subsidiebedrag wordt gebruik gemaakt van een gemiddeld uurtarief voor alle S&O-medewerkers. Bij bedrijven die net starten wordt hiervoor gebruik gemaakt van een forfaitair tarief van € 29,-/uur maar voor bedrijven die voor het derde jaar WBSO aanvragen wordt een referentiejaar gebruikt. Bedrijven zijn daarom verplicht om aan te geven uit welke medewerkers het S&O-team bestaat zodat de RVO hier salarisgegevens van kan opvragen en zodoende een gemiddeld uurtarief kan berekenen. Deze melding heet de BSN-mededeling en moet bij voorkeur voor het indienen van de nieuwe aanvraag worden verricht omdat die anders vertraging kan oplopen.
Het melden van de BSN-nummers kan via het eLoket en hiervoor zijn alleen de BSN-nummers zelf noodzakelijk (niet de namen). Het gaat hierbij om de BSN-nummers van medewerkers die daadwerkelijk aan de projecten hebben gewerkt en dus ook uren hebben geschreven voor de WBSO-administratie. Nadat de melding is verricht stuurt de RVO een brief met daarin het nieuw berekende uurtarief voor het komende jaar.