Met het bezwaarschrift geeft een bedrijf aan waarom zij bezwaar maakt en waarom de aanvraag voldoet aan alle vereisten van de WBSO-regeling. De inhoud is vooral juridisch waarbij wordt verwezen naar de eerdere communicatie, onderliggende wetgeving en dergelijke. Een bedrijf hoeft in het bezwaarschrift nog niet direct inhoudelijk in te gaan op de projecten als dat een reden was waarom deze (deels) zijn afgewezen. Het bezwaarschrift wordt (per post of digitaal) ingediend bij de afdeling Juridische Zaken van de RVO waarna zij 6 weken hebben om hierop te reageren. In sommige gevallen kan deze periode nogmaals met 6 weken worden verlengd. Vervolgens zal de RVO contact opnemen om een hoorzitting in te plannen waarop het bezwaar mondeling kan worden toegelicht.
Mocht een bedrijf in tijdnood komen dan kan een bedrijf ook voor een bezwaarschrift een vormvrije aanvraag indienen. Hierbij wordt enkel aangegeven welke aanvrager bezwaar maakt en tegen welk besluit, maar hierbij wordt nog niet inhoudelijk op het project(en) ingegaan. Doorgaans geeft een vormvrije aanvraag 3 รก 4 weken extra tijd om het bezwaarschrift op te stellen en in te dienen.