De RVO heeft een standaard wettelijke beoordelingstermijn van 3 kalendermaanden die ingaat vanaf de start van de aanvraagperiode. Bijvoorbeeld indien een bedrijf op 20 december van het voorgaande jaar een aanvraag indient voor de periode januari t/m juni, dan moet de aanvraag uiterlijk 31 maart zijn behandeld. De regeling kent echter een aantal situaties waardoor de beoordelingstermijn aanzienlijk langer kan worden:
| Situatie | Termijn |
|---|---|
| Standaard | 3 kalendermaanden vanaf de startdatum van de aanvraagperiode. Bij zelfstandigen rekent de RVO vanaf de datum van indiening. |
| Vormvrije aanvraag die later is aangevuld | + Aantal dagen dat het duurde om de aanvraag compleet te maken |
| Aanvraag met daarin ook een begroting van de kosten en uitgaven | + 8 weken |
| Aanvullende vragen gesteld over de aanvraag (toelichting) | + Aantal dagen dat het duurde om de vragen te beantwoorden |
De WBSO-subsidie treedt overigens met terugwerkende kracht in werking over maanden die op het moment van goedkeuring reeds zijn verstreken (Let op: de verrekening werkt op een andere wijze, zie hoofdstuk verrekening).
Wanneer de totale termijn is verstreken en de RVO heeft nog geen beschikking afgegeven, dan is het mogelijk om de RVO in gebreke te stellen. Dit kan per brief waarna de RVO alsnog 2 weken de tijd heeft om een beschikking af te geven. Indien daar geen reactie op komt dan heeft de aanvrager recht op een dwangsom van € 20/dag voor de eerste 14 dagen, daarna € 30/dag voor de volgende 14 dagen en voor alle dagen daarna € 40/dag.
Gemiddeld duurt de behandeling van een WBSO-aanvraag 8 weken vanaf het moment van indiening. Voor een snellere verwerking is het verder belangrijk om snel te reageren op informatieverzoeken vanuit de RVO. Sinds begin 2016 worden WBSO-aanvragen van starters (bedrijven die voor het eerst WBSO aanvragen) daarnaast met prioriteit in behandeling genomen. Dit betekent dat zij vaak binnen één maand een beschikking kunnen verwachten.