De WBSO-subsidie wordt verstrekt door de Rijksdienst voor Ondernemend Nederland (RVO) die onderdeel is van het Ministerie van Economische Zaken en Klimaat. Voorheen werd de regeling beheerd door SenterNovem en Agentschap NL. De RVO stimuleert bedrijven in Nederland op het gebied van innovatie, duurzaamheid en internationaal- en agrarisch ondernemen. De RVO is daarmee een belangrijke ondersteuning voor duizenden (MKB) bedrijven in Nederland.
Bij de RVO werken momenteel ongeveer 2.750 medewerkers waarvan een groot deel een technische achtergrond heeft om de WBSO-aanvragen goed te kunnen beoordelen. De RVO heeft ook een afdeling Juridische Zaken waar bedrijven terechtkunnen indien zij bijvoorbeeld bezwaar willen maken tegen een afgewezen aanvraag.