WBSO-aanvragen kunnen tegenwoordig alleen nog digitaal worden ingediend. Hiervoor heeft de RVO het eLoket ontwikkeld waar een bedrijf naast de WBSO ook andere subsidieaanvragen kan beheren en indienen. Voor de online identificatie heeft een bedrijf een eHerkenningsmiddel van Niveau 2+ nodig. Een eHerkenningsmiddel bestaat doorgaans uit een gebruikersnaam en een wachtwoord in combinatie met een controle via een mobiele telefoon. Eherkenningsmiddelen worden uitgegeven door diverse commerciële leveranciers (zie onderstaande link) en kosten ongeveer € 60 / jaar. Vraag het eHerkenningsmiddel tijdig aan want de levering kan een paar werkdagen duren.
Nadat een bedrijf is ingelogd met behulp van het eHerkenningsmiddel kan zij een nieuwe aanvraag voor de WBSO aanmaken. In principe kan de gehele aanvraag hier online worden ingevuld, worden gecontroleerd en worden verstuurd aan de RVO. Het eLoket heeft echter een time-out functie waarbij gebruikers, nadat zij 15 minuten niet op een knop hebben geklikt, automatisch worden uitgelogd. Dit kan betekenen dat getypte teksten verloren gaan. Bij het beschrijven van een project (aanvraag) is het daarom verstandiger om per project het offline pdf-formulier te gebruiken en deze vervolgens te uploaden.
Het formulier (online en offline) accepteert overigens per antwoord maar een maximaal aantal woorden waardoor dit compact moet worden opgeschreven. Het is mogelijk om bijlagen toe te voegen maar aangezien die kwijt kunnen raken is dit vaak ongewenst.
eHerkenning: www.eherkenning.nl