Op de WBSO-beschikking staat altijd het maximale bedrag dat een bedrijf met de belastingen mag verrekenen. In een aantal situaties is het namelijk niet toegestaan of fiscaal niet mogelijk om het volledige bedrag te verrekenen. Dit is bijvoorbeeld het geval wanneer een bedrijf achteraf toch niet het aangevraagde aantal S&O-uren maakt of wanneer de loonheffing te laag is om het bedrag volledig te kunnen verrekenen (loonheffing kan immers nooit negatief worden).
Bedrijven met personeel op de loonlijst doen maandelijks aangifte voor de loonheffingen. Een WBSO-verklaring geeft daarom het recht om maandelijks een evenredig deel van het maximale bedrag in mindering te brengen op de totale loonheffing. De loonheffing bestaat hierbij uit de loonbelasting en de premie volksverzekeringen maar niet uit de premies voor de werknemersverzekeringen en/of de bijdrage Zorgverzekeringswet (Zvw).
Een WBSO-beschikking komt vaak op een moment dat de aanvraagperiode reeds is begonnen. Om te voorkomen dat iedere WBSO-beschikking resulteert in een groot aantal correctieberichten richting de Belastingdienst stelt de Rijksdienst voor Ondernemend Nederland (RVO) een bepaalde wijze van verrekening verplicht. Hierbij wordt het subsidiebedrag evenredig verdeeld over de resterende maanden van de aanvraagperiode. De eerste maand is daarbij de maand waarin de beschikking is gedagtekend.
Blijkt na afloop van de aanvraagperiode dat de hoeveelheid loonheffing onvoldoende was om de volledige WBSO-subsidie te verrekenen, dan mag het restant met alle overige maanden binnen hetzelfde kalenderjaar worden verrekend.
Voorbeeld:
Een bedrijf ontvangt op 15 maart een S&O-verklaring. De verklaring heeft betrekking op de aanvraagperiode januari t/m juni en heeft een maximaal bedrag van € 74.000. Het aantal resterende maanden in de aanvraagperiode is hier 4 (maart, april, mei en juni). Het bedrag dat in deze maanden mag worden verrekend is daardoor: € 18.500 per maand.
Een bedrijf mag er overigens ook voor kiezen om in bepaalde maanden een lager bedrag toe te passen. Hierdoor neemt het gemiddelde bedrag voor de resterende maanden toe.
Voorbeeld:
Een bedrijf ontvangt een S&O-verklaring voor de periode juli t/m december met een bedrag van € 40.000. In juli en augustus trekken zij telkens € 3.000 af van de loonheffing. Voor de resterende vier maanden mag nog maximaal € 34.000 worden afgetrokken ofwel € 8.500 per maand.
Naast verrekening met de maanden die op de S&O-verklaring staan vermeld, mag een bedrijf ook met de maanden daarvoor of daarna verrekenen. Voorwaarde is hierbij wel dat de subsidie niet kan worden meegenomen naar een voorgaand of opvolgend kalenderjaar.
Voorbeeld:
Een bedrijf ontvangt een S&O-verklaring voor de periode april t/m september met een subsidiebedrag van € 90.000. Doordat de loonheffing beperkt bleek in die periode kon er echter maar € 70.000 worden verrekend in die maanden. Het verschil mag vervolgens alsnog worden verrekend met de maanden in het eerste kwartaal van dat jaar of in het laatste kwartaal.