Naast het financiële voordeel brengt een S&O-verklaring voor de WBSO ook administratieve verplichtingen met zich mee. De overheid wil immers ook kunnen controleren óf het project daadwerkelijk is uitgevoerd en of dit overeenkomt met de voorwaarden van de regeling. De RVO heeft daarom een aantal eisen en richtlijnen opgesteld waar een correcte S&O-administratie aan moet voldoen. Hierbij wordt overigens geen specifiek format vereist en is het bedrijf zelf vrij om de administratie in te richten zoals deze het beste bij haar bedrijfsprocessen past.
Het bijhouden van een WBSO-administratie is wettelijk verplicht. De RVO voert steekproefsgewijs controles uit bij bedrijven waarbij zij de administratie willen inzien en controleren. Bedrijven die nalatig zijn in het bijhouden van hun administratie lopen daarbij een groot risico op terugbetaling van de WBSO-subsidie of zelfs boetes (!). Gelukkig is het bijhouden van de administratie voor veel bedrijven prima te doen en hoeft dit op jaarbasis weinig extra tijd te kosten. Hieronder zal worden toegelicht waar een S&O-administratie aan moet voldoen en hoe bedrijven dit zo efficiënt mogelijk kunnen inrichten.
Als eerste bestaat een WBSO-administratie uit drie delen:
Hoewel het hier gaat om losstaande onderdelen zit er vanzelfsprekend een relatie tussen de uren, de projectadministratie en de specificaties van kosten en uitgaven. Bij een project van 10.000 S&O-uren verwacht de RVO uiteraard meer documentatie in de projectadministratie dan bij een project van 700 S&O-uren.